Хотя в истории любого кладбища по определению не может быть светлых страниц, тем не менее, некоторые эпизоды нашей современной истории наложили на этом месте свой особенно неприятный отпечаток.

В начале XX века вдоль восточных границ Петропавловского кладбища проходил глубокий овраг. По свидетельствам, в этом овраге органы НКВД в 20-30х годах прошлого века устраивали братские могилы тамбовчан подвергшихся репрессиям и расстрелянным. Известно, что тамбовские органы ЧК работали на редкость продуктивно. Именно Тамбовский край понёс одни из самых больших потерь населения в первые годы Советской власти. В настоящее время установлены многочисленные списки крестьян, духовенства, интеллигенции, участников народной войны против красного террора, и просто обыкновенных обывателей, зачастую детей, мученически погибших и захороненных в прикладбищенском овраге. В позднейшее время овраг был выровнен и присоединён к территории кладбища. В 1991 году для увековечивания памяти жертв сталинских репрессий на кладбище был открыт мемориальный памятник «Крест ГУЛАГа». На памятнике имеется надпись о том, что он был сооружён по решению Тамбовского горисполкома архитектором А.С. Куликовым и скульптором К.Я. Малофеевым.

К сожалению, в годы ВОВ рядом с Петропавловским кладбищем возникли новые безымянные братские могилы. Эти новые могилы появились вдоль старой железной дороги ведущей по направлению к Саратову. Дело в том, что во время войны по этой железнодорожной ветке на восток, в глубь страны, следовали многочисленные эшелоны с военнопленными, другими заключёнными, эвакуированными, больными и ранеными советскими солдатами. Смертность в этих эшелонах была чрезвычайно высока. Почти все эти эшелоны останавливались в Тамбове напротив Петропавловского кладбища, пополняли запасы воды, топлива, а заодно, просто-напросто сбрасывали своих покойников в придорожный ров. Кладбищенская похоронная команда немного присыпала покойников на этом же месте землёй и ждала следующий состав. Естественно, в подобной неразберихе абсолютно невозможно было определить принадлежность сделанных захоронений. Солдаты, зеки, пленные, русские, немцы, многие другие национальности - все лежали рядом и несколькими слоями. После войны участок путей, по которому проходили военные эшелоны, был демонтирован, железнодорожная насыпь была сровнена, ров засыпан, и весь этот участок присоединён к кладбищу. Сейчас на месте бывших братских могил военных лет расположились, уже вторым слоем, обыкновенные могилы простых горожан Тамбова.